建國之前南京大學要強于中山大學這一點絕對沒有爭議，畢竟南京大學相當于現在北大清華，而中山大學雖然也屬于頂級高校，但畢竟距離當時的首都太遠，相對來講遠水解不了近渴。建國之后，兩所學校都遭到了拆分，都變成了文理綜合性高校之一，但是南京大學依舊要比中山大學稍強一些，畢竟南大的底蘊雄厚，破船還要三千釘，咋也是大戶出身。

中山大學和南京大學在后期發(fā)展中，相對中山大學要慢一些。改革開放之前廣東省相對更容易受威脅，尤其是來自海洋方面的威脅，因此中山大學發(fā)展顧慮很多，需要謹慎在謹慎。而南京大學則位于中國復地，相對就沒有這些限制，雖然辦學過程中也有波折，但是總體依舊相好。恢復高考之后，兩所學校都有了長足的發(fā)展，但是八十年的南京大學占據這理論前言，相對更受重視，影響力也要更大一些。

南京大學和中山大學從各自“品牌”來看，其實幾乎沒有任何差距，兩家在上個世紀五十年代末就被評為全國重點大學了，這之后的任何一次重點大學評估，兩所高?；緦儆谕娇缛?，沒有太大的區(qū)別。唯一不同的地方在于中山大學合并了原中山醫(yī)科大學，而南京大學始終走獨立自主的路線，堅持不合并高校，始終在其主要教研方向發(fā)展，總體實力依舊得以提升。

總體來看，南京大學的綜合實力略微強于中山大學一些。中山大學在醫(yī)學領域要完勝南京大學，這一點毋庸置疑，畢竟原中山醫(yī)科大學也是“四大區(qū)”級別的醫(yī)科大學，實力絕不一般。但是南京大學涉獵的學科更多，學校規(guī)模也要更大，學科的完整性和配套教研方面要確實比中山大學更進一步，這一點還是沒有太大爭議的。不過中山大學的商科也要比南京大學強一些。